桌面式扫描电镜在植物学中可用于叶片气孔与表皮毛、花粉粒外壁雕纹、花粉萌发与授粉过程、植物—昆虫互作界面、木材管胞与纹孔膜等表面及内部结构的微观观察；其低真空模式和背散射成像能力使新鲜或含水植物样品无需复杂固定、干燥和镀膜即可快速成像，样品制备简便、操作门槛低，既适合高校与科研院所的植物形态学、分类学和生殖生物学研究，也适合农业育种、木材科学及植物学教学中的日常观察与科普演示。
